SMA Negeri 94 Jakarta pertama kali berdiri pada bulan Juli 1987 di jalan al-Barkah 1 Cengkareng Jakarta Barat dengan nama SMA Negeri Rawa Buaya dan dipimpin oleh Kepala Sekolah yang pertama yaitu bapak Mansur Lubis, BA.
Pada Tahun 1990 – 1991 secara bertahap Kegiatan Belajar dipindahkan ke gedung baru di jalan Raya Semanan, Kalideres, Jakarta Barat, dan mulai Tahun Pelajaran 1991/1992 secara resmi pindah ke gedung baru dan diganti namanya menjadi Sekolah Menengah Umum Negeri 94 Jakarta (SMUN 94 Jakarta) sedangkan gedung yang lama dijadikan SMPN 264 Jakarta.
Pada hari Sabtu, tanggal 27 Mei 2006 pukul 9 pagi pada saat para siswa sedang serius mengikuti Pekan Ulangan ke-3, tiba-tiba dikejutkan oleh munculnya asap yang membumbung tinggi dari ruang Perpustakaan (lantai dua) yang pada saat itu sedang tidak buka karena sedang masa pekan ulangan.
Api yang berkobar cepat karena angin yang cukup kencang, akhirnya merembet ke ruang dan kelas lain, sehingga secara spontan para siswa dan guru keluar kelas dan turun ke lantai dasar, dan sebagian lagi berusaha memadamkan api dengan alat seadanya.
sekitar 2 jam api berhasil dipadamkan oleh beberapa mobil pemadam kebakaran, dan berhasil mengisolir penyebaran api sehingga laboratorium Kimia yang juga terletak di latai 2, masjid, dan seluruh lantai 1 tidak ikut terbakar.
Setelah terjadinya kebakaran, Kepala sekolah, bapak Drs. H. Yatim Hamid, langsung berkoordinasi dengan Dinas Pendidikan untuk mendapatkan gedung sekolah yang akan dijadikan tempat sementara para siswa dan guru untuk melaksanakan KBM, akhirnya setelah berkoordinasi dengan kanwil kementerian Agama Provinsi DKI Jakarta, SMAN 94 dapat menggunakan gedung MAN (Madrasah Aliyah Negeri) 12 yang terletak di Duri Kosambi, Cengkareng Jakarta Barat, yang saat itu Kepala Madrasahnya adalah bapak Drs. H.Muhammad Yunus; dan SMAN 94 melaksanakan KBM pada siang hari setelah para siswa MAN 12 pulang.
Setelah hampir 2 tahun melaksanakan KBM di MAN 12 Jakarta, akhirnya pada hari Sabtu, 2 Februari 2008, Kegiatan Belajar Mengajar kembali diadakan di lokasi semula dengan gedung baru yang memiliki 4 lantai.
Berikut adalah para Kepala sekolah yang telah berjasa memimpin dan memajukan SMAN 94 Jakarta.
saat ini, sejak tanggal 7 September 2021, SMAN 94 Jakarta dipimpin oleh bapak Eko Prasetyono, S.Pd., M.Si.
Acara Lepas Sambut yang dilakukan secara Hibrid, di ruang MEIMS SMAN 94 Jakarta, dihadiri secara Luring oleh Pengawas paket, Bapak Drs. Listiyono, M.Pd., Tim Manajemen SMAN 94 Jakarta, dan para guru serta kepala SMAN 36 Jakarta yang mengantar dan melepas guru terbaiknya untuk menjadi Kepala SMAN 94 Jakarta; serta dihadiri secara daring melalui Zoom meeting oleh seluruh guru dan pegawai SMAN 94 Jakarta.
Langkah awal kepemimpinan bapak Eko Prasetyono, S.Pd., M.Si. adalah melanjutkan Program Kepala Sekolah sebelumnya, yaitu bapak Drs. H. Ahmad Paisal, M.M. yaitu Sekolah Kolaborasi dengan SMA Cahaya Fadilah dan SMA Impian Bunda.
Selain itu, bapak Eko Prasetyono juga berhasil lulus menjadi Kepala Sekolah Penggerak sehingga SMAN 94 Jakarta terpilih menjadi salah satu Sekolah Penggerak di Jakarta Barat yang akan menerapkan Kurikulum Paradigma Baru yang sekarang diberi nama Kurikulum Merdeka sehingga SMAN 94 Jakarta akan semakin menjadi yang terbaik, dan menghasilkan lulusan yang semakin banyak diterima di Perguruan Tinggi Negeri.